Federasi Malaysia & Republik Singapura & Ker. Brunei Darussalam

Dekolonisasi Inggris di Semenanjung Malaya & Kalimantan
Semenanjung Malaya sejak dahulu kala sudah merupakan daerah yang cukup terkenal terutama karena letaknya yang berada di selat Malaka yang merupakan jalur perdagangan yang cukup ramai sejak dulu hingga sekarang. Bila kita mempelajari sejarah Kerajaan-kerajaan Islam tetntu ingatan kita tertuju pada Kerajaan Malaka yang didirikan oleh Parameswara seorang pelarian dari Majapahit pada awal abad ke- 15. Lalu pada akhirnya Kerajaan Malaka runtuh akibat diserang oleh armada Portugis pada tahun 1511 yang dipimpin oleh Alfonso d’Albuquerque, semenjak itulah daerah Nusantara mulai dimasuki dan dikolonisasi oleh Bangsa Eropa. Tetapi, Sultan terakhir melarikan diri ke Kampar, Riau, Sumatera dan meninggal di sana. Putera-putera Sultan Melaka terakhir mendirikan dua kesultanan di tempat lain di semenanjung; Kesultanan Perak di utara, dan Kesultanan Johor (mulanya kelanjutan kesultanan Melaka kuno) di selatan. Setelah jatuhnya Melaka, tiga negara berjuang menguasai Selat Malaka: Portugis (di Melaka), Kesultanan Johor, dan Kesultanan Aceh. Konflik ini berlangsung sampai tahun 1641, ketika Belanda (bersekutu dengan Kesultanan Johor) untuk merebut Melaka.
Kedatangan Inggris
Britania Raya mendirikan koloni pertamanya di Semenanjung Malaya pada 1786, dengan penyewaan pulau Penang kepada Perusahaan Hindia Timur Britania oleh Sultan Kedah. Pada 1824, Britania Raya menguasai Melaka setelah ditandatanganinya Traktat London atau Perjanjian Britania-Belanda 1824 yang membagi kepemilikan Nusantara kepada Britania dan Belanda, Malaya untuk Britania, dan Indonesia untuk Belanda. Pada 1826, Britania mendirikan Koloni Mahkota di Negeri-Negeri Selat, menyatukan kepemilikannya di Malaya: Penang, Melaka, Singapura, dan pulau Labuan. Penang yang didirikan pada 1786 oleh Kapten Francis Light sebagai pos komersial dianugerahkan oleh Sultan Kedah. Negeri-Negeri Selat mulanya diurus di bawah British East India Company di Kalkuta, sebelum Penang, dan kemudian Singapura menjadi pusat pengurusan koloni mahkota, hingga 1867, ketika tanggung jawab pengurusan dialihkan kepada Kantor Kolonial di London.
Selama abad ke-19, banyak negeri Melayu berupaya untuk mendapatkan bantuan Britania untuk menyelesaikan konflik-konflik internal mereka. Kepentingan komersial pertambangan timah di negeri-negeri Melayu bagi para saudagar di Negeri-Negeri Selat membuat pemerintah Britania melakukan campur tangan di dalam negeri-negeri penghasil timah di Semenanjung Malaya. Diplomasi Kapal Meriam Britania ditugaskan demi mewujudkan resolusi perdamaian terhadap kekacauan sipil yang disebabkan oleh bandit Cina dan Melayu. Pada akhirnya Perjanjian Pangkor 1874 meretas jalan untuk perluasan pengaruh Britania di Malaya. Memasuki abad ke-20, negeri Pahang, Selangor, Perak, dan Negeri Sembilan, bersama-sama dikenal sebagai Negeri-negeri Melayu Bersekutu (jangan dirancukan dengan Federasi Malaya), di bawah kendali de facto residen Britania diangkat untuk menasehati para penguasa Melayu. Orang Britania menjadi "penasehat" di atas kertas, tetapi sebenarnya, mereka menjalankan pengaruh penting di atas para penguasa Melayu.

Lima negeri lainnya di semenanjung, dikenal sebagai Negeri-negeri Melayu tak Bersekutu, tidak diperintah langsung dari London, juga menerima para penasehat Britania di penghujung abad ke-20. Empat dari lima negeri itu: Perlis, Kedah, Kelantan, dan Terengganu sebelumnya dikuasai Siam. Negeri yang tidak bersekutu lainnya, Johor, satu-satunya negeri yang memelihara kemerdekaannya di sebagian besar abad ke-19. Sultan Abu Bakar dari Johor dan Ratu Victoria kenalan pribadi, dan mengakui satu sama lain sederajat. Hal ini tidak pernah terjadi hingg 1914 ketika pengganti Sultan Abu Bakar, Sultan Ibrahim menerima seorang penasehat Britania. Di pulau Borneo, Sabah diperintah sebagai koloni mahkota Borneo Utara, sedangkan Sarawak diperoleh dari Brunei sebagai kerajaan pribadi keluarga Brooke, yang berkuasa sebagai Raja Putih.
Istilah dekolonisasi berasal dari bahasa Inggris decolonization yang terdiri dari de (tidak) dan colonization (penjajahan). Gabungan dari dua kata ini dapat didefenisikan sebagai suatu perubahan dari suasana penjajahan menuju bukan penjajahan atau lazim disebut kemerdekaan. Sejak tahun 1956 banyak perkembangan yang terjadi dala masyarakat Inggris yang mencerminkan suatu keinginan yang kuat untuk mengundurkan diri dari panggung pertarungan politik Internasional di sebelah timur Terusan Suez. Sejak runtuhnya Imperium Inggris pada tahun 1939 – 1945 akibat perang dunia telah melontarkan suatu orientasi baru yaitu tugas utama setiap pemerintahan di Inggris hendaknya berkisar pada penyelesaian kesulitan – kesulitan dalam negeri. Sedangkan modernisasi dan realism merupakan motif politik dan ekonomi yang baru. Sejak tahun 1947 Inggris mengundurkan diri dari Asia secara berangur-angsur dimana India, Pakistan, Myanmar, dan Sri lanka telah merdeka. Kemudian pada tahun 1957 terjadi pengakuan kedaulatan Malaya dan persetujuan pertahanan antar kedua negara yang ditandatangani merupakan langkah selanjutnya dalam proses pengurangan tanggung jawab Inggris atas pertahanan Malaya. Kemudian pembentukan negara Federasi Malaysia pada tahun 1963 merupakan suatu kelanjutan lagi dari proses pengunduran Inggris atau dekolonisasi Inggris di Asia Tenggara.
Setelah pengunduran diri Inggris dari Asia Tenggara yang berjalan berangsur-angsur Inggris tidak hanya tinggal diam. Inggris memiliki taktik baru untuk mempertahankan angkatan bersenjatanya di wilayah Malaysia. Salah satu bukti nyata yaitu dengan proyek pemebntukan “Federasi Malyasia”, Inggris bermaksud melanggengkan kolonialismenya didaerah Malaysia. Dalam “Agreement relating to Malaysia” pada pasal VI memberikan dasar pada Inggris untuk dapat mempertahankan pangkalan-pangkalan militernya. Dengan begitu bentuk neo-kolonialisme mulai terlihat jelas yaitu dengan terus dibayang-bayanginya gerak gerik pemerintahan boneka oleh negara penjajah.
Kemudian berkobarnya konfrontasi setelah “Federasi Malaysia” diproklamirkan pada tahun 1963, maka dipakai oleh pihak Inggris sebagai alasan untuk “memperkuat penjagaan di perbatasan”. Perundingan-perundingan yang sengaja dibuat gagal oleh Inggris, merupakan alasan kuat untuk mendatangkan pasukan-pasukan agresinya ke negara bonekanya. Namun, apa yang dirancang oleh Inggris belum cukup, pada peristiwa keluarnya Indonesia dari PBB merupakan klimaks dari penumpukan kekuatan mereka di Asia Tenggara. Peristiwa itu dibesar-besarkan sendiri oleh Inggris sebagai pertanda bahwa Indonesia akan melakukan invasi besar-besaran ke Malaysia. Pertimbangan Inggris untuk mengadu domba Bangsa Asia dalam mempertahankan kedudukan Inggris bahwa mereka menginginkan jatuhnya sedikit korban.

A.DARI PERSEKUTUAN TANAH MELAYU (1957) ke FEDERASI MALAYSIA (1963)
Secara administratif, Malaysia memiliki 13 negara bagian (11 di Malaysia Barat dan 2 di Malaysia Timur) dan 3 wilayah persekutuan (semua tiga wilayah persekutuan digabungkan menjadi satu dalam bendera Malaysia) yang dilambangkan sebagai empat belas jalur dan sudut bintang di Bendera Malaysia yang dinamakan "Jalur Gemilang":
Malaysia Barat (Semenanjung)
1.Johor Darul Takzim
2.Kedah Darul Aman
3.Kelantan Darul Naim
4.Melaka Bandaraya Bersejarah
5.Negeri Sembilan Darul Khusus
6.Pahang Darul Makmur
7.Perak Darul Ridzuan
8.Perlis Indera Kayangan
9.Pulau Pinang Pulau Mutiara
10.Selangor Darul Ehsan
11.Terengganu Darul Iman
12.Wilayah Persekutuan
13.Kuala Lumpur
14.Putrajaya
Malaysia Timur
1.Sabah Negeri Di Bawah Bayu
2.Sarawak Bumi Kenyalang
3.Wilayah Persekutuan
4.Labuan
Batas – batas wilayah Malaysia:
Wilayah Malaysia Barat:
Utara : Thailand
Selatan : Republik Singapura
Barat : selat Malaka
Timur : Laut Cina Selatan
Wilayah Malaysia Timur:
Utara : Laut Cina Selatan
Timur Laut : Laut Sulu
Selatan : Indonesia
Nama "Malaysia" diadopsi pada 1963 ketika Federasi Malaya, Singapura, Sabah, dan Sarawak membentuk federasi dengan 14 negara bagian. Tetapi nama itu sendiri pernah membingungkan ketika dipakai untuk merujuk wilayah-wilayah di Asia Tenggara. Sebuah peta yang diterbitkan pada 1914 di Chicago menampilkan nama Malaysia pada wilayah tertentu di Nusantara. Bangsa Filipina pernah menghendaki penamaan negara mereka sebagai "Malaysia", tetapi Malaysia-lah yang pertama mengadopsi nama itu pada 1963 sebelum Filipina bertindak lebih jauh tentang masalah itu. Nama lain pernah dianjurkan untuk federasi 1963. Di antaranya adalah Langkasuka (Langkasuka adalah sebuah kerajaan kuno yang berada di bagian hulu Semenanjung Malaya pada milenium pertama masehi).

Bahkan mundur lebih jauh lagi, seorang etnolog Inggris, George Samuel Windsor Earl, di dalam jilid IV Jurnal Kepulauan India dan Asia Timur pada 1850 mengusulkan untuk menamai kepulauan Indonesia sebagai Melayunesia atau Indunesia, kendati dia lebih menyukai yang terakhir.
Malaysia adalah sebuah monarki konstitusional. Kepala negara persekutuan Malaysia adalah Yang di-Pertuan Agong, biasa disebut Raja Malaysia. Yang di-Pertuan Agong dipilih dari dan oleh sembilan Sultan Negeri-Negeri Malaya, untuk menjabat selama lima tahun secara bergiliran; empat pemimpin negeri lainnya, yang bergelar Gubernur, tidak turut serta di dalam pemilihan.
Sistem pemerintahan di Malaysia bermodelkan sistem parlementer Westminster, warisan Penguasa Kolonial Britania. Tetapi di dalam praktiknya, kekuasaan lebih terpusat di eksekutif daripada di legislatif, dan judikatif diperlemah oleh tekanan berkelanjutan dari pemerintah selama zaman Mahathir, kekuasaan judikatif itu dibagikan antara pemerintah persekutuan dan pemerintah negara bagian. Sejak kemerdekaan pada 1957, Malaysia diperintah oleh koalisi multipartai yang disebut Barisan Nasional (pernah disebut pula Aliansi).[47]
Kekuasaan legislatur dibagi antara legislatur persekutuan dan legislatur negeri. Parlemen bikameral terdiri dari dewan rendah, Dewan Rakyat (mirip "Dewan Perwakilan Rakyat" di Indonesia) dan dewan tinggi, Senat atau Dewan Negara (mirip "Dewan Perwakilan Daerah" di Indonesia). 222 anggota Dewan Rakyat dipilih dari daerah pemilihan beranggota-tunggal yang diatur berdasarkan jumlah penduduk untuk masa jabatan terlama 5 tahun. 70 Senator bertugas untuk masa jabatan 3 tahun; 26 di antaranya dipilih oleh 13 majelis negara bagian (masing-masing mengirimkan dua utusan), dua mewakili wilayah persekutuan Kuala Lumpur, masing-masing satu mewakili wilayah persekutuan Labuan dan Putrajaya, dan 40 diangkat oleh raja atas nasehat perdana menteri. Di samping Parlemen di tingkatan persekutuan, masing-masing negara bagian memiliki dewan legislatif unikameral (Dewan Undangan Negeri) yang para anggotanya dipilih dari daerah-daerah pemilihan beranggota-tunggal. Pemilihan umum parlemen dilakukan paling sedikit lima tahun sekali, dengan pemilihan umum terakhir pada Maret 2008. Pemilih terdaftar berusia 21 tahun ke atas dapat memberikan suaranya kepada calon anggota Dewan Rakyat dan calon anggota dewan legislatif negara bagian juga, di beberapa negara bagian. Voting tidak diwajibkan.
Kekuasaan eksekutif dilaksanakan oleh kabinet yang dipimpin oleh perdana menteri; konstitusi Malaysia menetapkan bahwa perdana menteri haruslah anggota dewan rendah (Dewan Rakyat), yang direstui Yang di-Pertuan Agong dan mendapat dukungan majoritas di dalam parlemen. Kabinet dipilih dari para anggota Dewan Rakyat dan Dewan Negara dan bertanggung jawab kepada badan itu. ; sedangkan kabinet merupakan anggota parlemen yang dipilih dari Dewan Rakyat atau Dewan Negara.
Pemerintah negara bagian dipimpin oleh Menteri Besar di negeri-negeri Malaya atau Ketua Menteri di negara-negara yang tidak memelihara monarki lokal, yakni seorang anggota majelis negara bagian dari partai majoritas di dalam Dewan Undangan Negeri. Di tiap-tiap negara bagian yang memelihara monarki lokal, Menteri Besar haruslah seorang Suku Melayu Muslim, meskipun penguasa ini menjadi subjek kebijaksanaan para penguasa. Kekuasaan politik di Malaysia amat penting untuk memperjuangkan suatu isu dan hak. Oleh karena itu kekuasaan memainkan peranan yang amat penting dalam melakukan perubahan.

Demografi
Penduduk Malaysia terdiri dari berbagai kelompok suku, dengan Suku Melayu sejumlah 50,4% menjadi ras terbesar dan bumiputra/suku asli (aborigin) di Sabah dan Sarawak sejumlah 11% [58] keseluruhan penduduk. Menurut definisi konstitusi Malaysia, orang Melayu adalah Muslim, menggunakan Bahasa Melayu, yang menjalankan adat dan budaya Melayu. Oleh karena itu, secara teknis, seorang Muslim dari ras manapun yang menjalankan kebiasaan dan budaya Melayu dapat dipandang sebagai Melayu dan memiliki hak yang sama ketika berhadapan dengan hak-hak istimewa Melayu seperti yang dinyatakan di dalam konstitusi. Melebihi separo bagian dari keseluruhan penduduk, bumiputra non-melayu menjadi kelompok dominan di negara bagian Sarawak (30%-nya adalah Iban), dan mendekati 60% penduduk Sabah (18%-nya adalah Kadazan-Dusun, dan 17%nya adalah Bajaus). Bumiputra non-Melayu itu terbagi atas puluhan kumpulan ras tetapi memiliki budaya umum yang sama. Hingga abad ke-20, kebanyakan dari mereka mengamalkan kepercayaan tradisional tetapi kini telah banyak yang sudah memeluk Kristen atau Islam. Masuknya ras lain sedikit banyak mengurangi persentase penduduk pribumi di kedua negara bagian itu. Juga terdapat kelompok aborigin dengan jumlah sedikit di Semenanjung, mereka biasa disebut Orang Asli.
23,7% penduduk adalah Tionghoa-Malaysia, sedangkan India-Malaysia sebanyak 7,1% penduduk. Sebagian besar komunitas India adalah Tamil (85%), tetapi berbagai kelompok lainnya juga ada, termasuk Malayalam, Punjab, dan Gujarat. Sebagian lagi penduduk Malaysia berdarah campuran Timur Tengah, Thailand, dan Indonesia. Keturunan Eropa dan Eurasia termasuk Britania yang menetap di Malaysia sejak zaman kolonial, dan komunitas Kristang yang kuat di Melaka. Sejumlah kecil orang Khmer dan Vietnam menetap di Malaysia sebagai pengungsi Perang Vietnam.
Sebaran penduduk sangat tidak merata, dengan lebih dari 17 juta penduduk menetap di Malaysia Barat, sedangkan tidak lebih dari 7 juta menetap di Malaysia Timur. Karena tumbuhnya industri padat tenaga kerja, Malaysia memiliki 10% sampai 20% pekerja imigran dengan besarnya ketidakpastian jumlah pekerja ilegal, terutama asal Indonesia. Terdapat sejuta pekerja imigran yang legal dan mungkin orang asing ilegal lainnya. Negara bagian Sabah sendiri memiliki hampir 25% dari 2,7 juta penduduknya terdaftar sebagai pekerja imigran ilegal menurut sensus terakhir. Tetapi, gambaran 25% ini diduga kurang dari setengah gambaran yang diperkirakan oleh lembaga-lembaga swadaya masyarakat.
Sebagai tambahan, menurut World Refugee Survey 2008, yang diterbitkan oleh Komisi Pengungsi dan Imigran Amerika Serikat, Malaysia menampung pengungsi dan pencari suaka mendekati angka 155.700. Dari jumlah ini, hampir 70.500 pengungsi dan pencari suaka berasal dari Filipina, 69.700 dari Myanmar, dan 21.800 dari Indonesia. Komisi Pengungsi dan Imigran Amerika Serikat menamai Malaysia sebagai salah satu dari sepuluh tempat terburuk bagi pengungsi karena adanya praktik diskriminasi negara kepada pengungsi. Petugas Malaysia dilaporkan memulangkan pendatang secara langsung kepada penyelundup manusia pada 2007, dan Malaysia menugaskan RELA, milisi sukarelawan, untuk menegakkan undang-undang imigrasi negara itu.

AGAMA
Malaysia adalah masyarakat multi-agama dan Islam adalah agama resminya. Menurut gambaran Sensus Penduduk dan Perumahan 2000, hampir 60,4 persen penduduk memeluk agama Islam; 19,2 persen Buddha; 9,1 persen Kristen; 6,3 persen Hindu; dan 2,6 persen Agama Tionghoa tradisional. Sisanya dianggap memeluk agama lain, misalnya Animisme, Agama rakyat, Sikh, dan keyakinan lain; sedangkan 1,1% dilaporkan tidak beragama atau tidak memberikan informasi.
Semua orang Melayu dipandang Muslim (100%) seperti yang didefinisi pada Pasal 160 Konstitusi Malaysia.[63] Statistik tambahan dari Sensus 2000 yang menunjukkan bahwa Tionghoa-Malaysia sebagian besar memeluk agama Buddha (75,9%), dengan sejumlah signifikan mengikuti ajaran Tao (10,6%) dan Kristen (9,6%). Sebagian besar orang India-Malaysia mengikuti Hindu (84,5%), dengan sejumlah kecil mengikuti Kristen (7,7%) dan Muslim (3,8%). Kristen adalah agama dominan bagi komunitas non-Melayu bumiputra (50,1%) dengan tambahan 36,3% diketahui sebagai Muslim dan 7,3% digolongkan secara resmi sebagai pengikut agama rakyat.
Konstitusi Malaysia secara teoretik menjamin kebebasan beragama. Tambahan lagi, semua non-Muslim yang menikahi Muslim harus meninggalkan agama mereka dan beralih kepada Islam. Sementara, kaum non-Muslim mengalami berbagai batasan di dalam kegiatan-kegiatan keagamaan mereka, seperti pembangunan sarana ibadah dan perayaan upacara keagamaan di beberapa negara bagian. Muslim dituntut mengikuti keputusan-keputusan Mahkamah Syariah ketika mereka berkenaan dengan agama mereka. Jurisdiksi Mahkamah Syariah dibatasi hanya bagi Muslim menyangkut Keyakinan dan Kewajiban sebagai Muslim, termasuk di antaranya pernikahan, warisan, kemurtadan, dan hubungan internal sesama umat. Tidak ada pelanggaran perdata atau pidana berada di bawah jurisdiksi Mahkamah Syariah, yang memiliki hierarki yang sama dengan Pengadilan Sipil Malaysia. Meskipun menjadi pengadilan tertinggi di negara itu, Pengadilan-Pengadilan Sipil (termasuk Pengadilan Persekutuan, pengadilan tertinggi di Malaysia) pada prinsipnya tidak dapat memberikan putusan lebih tinggi daripada yang dibuat oleh Mahkamah Syariah; dan biasanya mereka segan untuk memimpin kasus-kasus yang melibatkan Islam di dalam wilayah atau pertanyaan atau tantangan terhadap autoritas Mahkamah Syariah. Hal ini menyebabkan masalah-masalah yang cukup mengemuka, khususnya yang melibatkan kasus-kasus perdata di antara Muslim dan non-Muslim, di mana pengadilan sipil telah memerintahkan non-Muslim untuk mencari pertolongan dari Mahkamah Syariah.
Awal tahun 2010 dalam putusan Pengadilan Tinggi yang memutuskan mengizinkan surat kabar Katholik the Herald untuk menggunakan kata Allah untuk Tuhan telah memicu dibakarnya lebih dari 4 bangunan gereja dan beberapa lainnya dirusak massa di Kuala Lumpur ibu kota Malaysia.

PEMBENTUKAN PERSEKUTUAN TANAH MELAYU & FEDERASI MALAYSIA
Pada 1941-1942, ketika Perang Dunia II, Jepang menyerbu Asia Tenggara termasuk daerah jajahan Inggris. Namun pada 1945 Inggris memperoleh kembali negara jajahannya, dan tiga tahun kemudian (1948) daerah jajahanya menyusun kesembilan Negara Melayu menjadi Persekutuan Tanah Melayu yang mendapatkan kemerdekaan pada 1957.
Antara 1946 dan 1948, 11 negeri ( Perlis, Kedah, Pulau Pinang, Perak, Selangor, Negeri Sembilan, Melaka, Johor, Pahang, Trengganu, dan Kelantan) di Tanah Melayu membentuk tanah jajahan Inggris yang disebut Malayan Union. Karena mendapat tentangan dari orang Melayu akhirnya Malayan Union dibubarkan dan digantikan dengan Persekutuan Tanah Melayu, yang mengembalikan kedudukan simbolik raja-raja Melayu.
Persekutuan Tanah Melayu merupakan sebuah persekutuan 11 negeri di Tanah Melayu yang terbentuk 31 Januari 1948 oleh Sembilan Negeri-Negeri Melayu dan dua wilayah di bawah kekuasaan Inggris yaitu Pulau Penang dan Malaka. Pada saat itu, Penang dan malaka menjadi negara dalam federasi. Dari 1948 hingga 1960, federasi diguncang oleh pemberontakan komunis yang dapat ditumpas dengan bantuan militer Inggris.
Dalam persekutuan ini, walaupun negeri-negeri Melayu menjadi negeri dibawah Inggris, Pulau Penang dan Malaka tetap menjadi negara jajahan. Seperti Malayan Union, persekutuan ini tidak beranggotakan Singapura, yang sebelum ini dianggap sebagai bagian dari Malaya.
Persekutuan ini mendapat kemerdekaan dari Negara-negara Commonwealth Inggris pada 31 Agustus 1957. Pada 1963, Persekutuan Tanah Melayu bersama-sama dengan Singapura, Sarawak dan Borneo Utara (Sabah) membentuk sebuah persekutuan baru bernama Malaysia. Singapura kemudian keluar dari Malaysia dan membentuk sebuah republic sendiri pada 9 Agustus 1965.
Persekutuan yang baru diwujudkan di bawah nama Malaysia pada 16 September 1963 yaitu, melalui penyatuan Persekutuan Malaya, Singapura, Borneo Utara (Sabah), dan Serawak. Kesultanan Brunai yang pada mulanya menyatakan keinginan untuk ikut dengan Malaysia menarik diri akibat tentangan dari masyrakat Brunei. Pada awal pembentukan Malaysia, banyak masalah yang harus dihadapi, misalnya percobaan Indonesia untuk mengontrol Malaysia yang nantinya menimbulkan konfrontasi, pada 1965 Singapura menarik diri dari Malaysia dan konflik rasial pada tahun 1969. Filipina juga membuat klaim atas Sabah yang didasarkan kepada penyerahan wilayah timur laut Kesultanan Brunei kepada Kesultanan Sulu pada 1704. Klaim Filipina masih berlanjut sampai saat ini.

B.Konfrontasi Indonesia - Malaysia masa Soekarno (1963-1966) & Pemulihan Hubungan RI – Malaysia masa Soeharto (1967)
Latar belakang
Pada 1961, Kalimantan dibagi menjadi empat administrasi. Kalimantan, sebuah provinsi di Indonesia, terletak di selatan Kalimantan. Di utara adalah Kerajaan Brunei dan dua koloni Inggris; Sarawak dan Britania Borneo Utara, kemudian dinamakan Sabah. Sebagai bagian dari penarikannya dari koloninya di Asia Tenggara, Inggris mencoba menggabungkan koloninya di Kalimantan dengan Semenanjung Malaya untuk membentuk Malaysia.
Rencana ini ditentang oleh Pemerintahan Indonesia; Presiden Soekarno berpendapat bahwa Malaysia hanya sebuah boneka Inggris, dan konsolidasi Malaysia hanya akan menambah kontrol Inggris di kawasan ini, sehingga mengancam kemerdekaan Indonesia. Filipina juga membuat klaim atas Sabah, dengan alasan daerah itu memiliki hubungan sejarah dengan Filipina melalui Kesultanan Sulu.
Di Brunei, Tentara Nasional Kalimantan Utara (TNKU) memberontak pada 8 Desember 1962. Mereka mencoba menangkap Sultan Brunei, ladang minyak dan sandera orang Eropa. Sultan lolos dan meminta pertolongan Inggris. Dia menerima pasukan Inggris dan Gurkha dari Singapura. Pada 16 Desember, Komando Timur Jauh Inggris (British Far Eastern Command) mengklaim bahwa seluruh pusat pemberontakan utama telah diatasi, dan pada 17 April 1963, pemimpin pemberontakan ditangkap dan pemberontakan berakhir.
Filipina dan Indonesia resminya setuju untuk menerima pembentukan Malaysia apabila mayoritas di daerah yang ribut memilihnya dalam sebuah referendum yang diorganisasi oleh PBB. Tetapi, pada 16 September, sebelum hasil dari pemilihan dilaporkan. Malaysia melihat pembentukan federasi ini sebagai masalah dalam negeri, tanpa tempat untuk turut campur orang luar, tetapi pemimpin Indonesia melihat hal ini sebagai perjanjian yang dilanggar dan sebagai bukti imperialisme Inggris.
Perang
Pada 20 Januari 1963, Menteri Luar Negeri Indonesia Soebandrio mengumumkan bahwa Indonesia mengambil sikap bermusuhan terhadap Malaysia. Pada 12 April, sukarelawan Indonesia (sepertinya pasukan militer tidak resmi) mulai memasuki Sarawak dan Sabah untuk menyebar propaganda dan melaksanakan penyerangan dan sabotase. Tanggal 3 Mei 1963 di sebuah rapat raksasa yang digelar di Jakarta, Presiden Sukarno mengumumkan perintah Dwi Komando Rakyat (Dwikora) yang isinya:
•Pertinggi ketahanan revolusi Indonesia
•Bantu perjuangan revolusioner rakyat Malaya, Singapura, Sarawak dan Sabah, untuk menghancurkan Malaysia
Pada 27 Juli, Sukarno mengumumkan bahwa dia akan meng-"ganyang Malaysia". Pada 16 Agustus, pasukan dari Rejimen Askar Melayu DiRaja berhadapan dengan lima puluh gerilyawan Indonesia. Meskipun Filipina tidak turut serta dalam perang, mereka memutuskan hubungan diplomatik dengan Malaysia. Federasi Malaysia resmi dibentuk pada 16 September 1963. Brunei menolak bergabung dan Singapura keluar di kemudian hari.
Ketegangan berkembang di kedua belah pihak Selat Malaka. Dua hari kemudian para kerusuhan membakar kedutaan Britania di Jakarta. Beberapa ratus perusuh merebut kedutaan Singapura di Jakarta dan juga rumah diplomat Singapura. Di Malaysia, agen Indonesia ditangkap dan massa menyerang kedutaan Indonesia di Kuala Lumpur.
Pada 1964 pasukan Indonesia mulai menyerang wilayah di Semenanjung Malaya. Di bulan Mei dibentuk Komando Siaga yang bertugas untuk mengkoordinir kegiatan perang terhadap Malaysia (Operasi Dwikora). Komando ini kemudian berubah menjadi Komando Mandala Siaga (Kolaga). Kolaga dipimpin oleh Laksdya Udara Omar Dani sebagai Pangkolaga. Kolaga sendiri terdiri dari tiga Komando, yaitu Komando Tempur Satu (Kopurtu) berkedudukan di Sumatera yang terdiri dari 12 Batalyon TNI-AD, termasuk tiga Batalyon Para dan satu batalyon KKO. Komando ini sasaran operasinya Semenanjung Malaya dan dipimpin oleh Brigjen Kemal Idris sebaga Pangkopur-I. Komando Tempur Dua (Kopurda) berkedudukan di Bengkayang, Kalimantan Barat dan terdiri dari 13 Batalyon yang berasal dari unsur KKO, AURI, dan RPKAD. Komando ini dipimpin Brigjen Soepardjo sebagai Pangkopur-II. Komando ketiga adalah Komando Armada Siaga yang terdiri dari unsur TNI-AL dan juga KKO. Komando ini dilengkapi dengan Brigade Pendarat dan beroperasi di perbatasan Riau dan Kalimantan Timur.
Di bulan Agustus, enam belas agen bersenjata Indonesia ditangkap di Johor. Aktivitas Angkatan Bersenjata Indonesia di perbatasan juga meningkat. Tentera Laut DiRaja Malaysia mengerahkan pasukannya untuk mempertahankan Malaysia. Tentera Malaysia hanya sedikit saja yang diturunkan dan harus bergantung pada pos perbatasan dan pengawasan unit komando. Misi utama mereka adalah untuk mencegah masuknya pasukan Indonesia ke Malaysia. Sebagian besar pihak yang terlibat konflik senjata dengan Indonesia adalah Inggris dan Australia, terutama pasukan khusus mereka yaitu Special Air Service(SAS). Tercatat sekitar 2000 pasukan khusus Indonesia (Kopassus) tewas dan 200 pasukan khusus Inggris/Australia (SAS) juga tewas setelah bertempur di belantara kalimantan.
Pada 17 Agustus pasukan terjun payung mendarat di pantai barat daya Johor dan mencoba membentuk pasukan gerilya. Pada 2 September 1964 pasukan terjun payung didaratkan di Labis, Johor. Pada 29 Oktober, 52 tentara mendarat di Pontian di perbatasan Johor-Malaka dan ditangkap oleh pasukan Resimen Askar Melayu DiRaja dan Selandia Baru dan bakinya ditangkap oleh Pasukan Gerak Umum Kepolisian Kerajaan Malaysia di Batu 20, Muar, Johor.
Ketika PBB menerima Malaysia sebagai anggota tidak tetap. Sukarno menarik Indonesia dari PBB pada tanggal 20 Januari 1965 dan mencoba membentuk Konferensi Kekuatan Baru (Conference of New Emerging Forces, Conefo) sebagai alternatif.
Sebagai tandingan Olimpiade, Soekarno bahkan menyelenggarakan GANEFO (Games of the New Emerging Forces) yang diselenggarakan di Senayan, Jakarta pada 10-22 November 1963. Pesta olahraga ini diikuti oleh 2.250 atlet dari 48 negara di Asia, Afrika, Eropa dan Amerika Selatan, serta diliput sekitar 500 wartawan asing.
Pada Januari 1965, Australia setuju untuk mengirimkan pasukan ke Kalimantan setelah menerima banyak permintaan dari Malaysia. Pasukan Australia menurunkan 3 Resimen Kerajaan Australia dan Resimen Australian Special Air Service. Ada sekitar empat belas ribu pasukan Inggris dan Persemakmuran di Australia pada saat itu. Secara resmi, pasukan Inggris dan Australia tidak dapat mengikuti penyerang melalu perbatasan Indonesia. Tetapi, unit seperti Special Air Service, baik Inggris maupun Australia, masuk secara rahasia. Australia mengakui penerobosan ini pada 1996.
Pada pertengahan 1965, Indonesia mulai menggunakan pasukan resminya. Pada 28 Juni, mereka menyeberangi perbatasan masuk ke timur Pulau Sebatik dekat Tawau, Sabah dan berhadapan dengan Resimen Askar Melayu Di Raja dan Kepolisian North Borneo Armed Constabulary.
Pada 1 Juli 1965, militer Indonesia yang berkekuatan kurang lebih 5000 orang melabrak pangkalan Angkatan Laut Malaysia di Sampurna. Serangan dan pengepungan terus dilakukan hingga 8 September namun gagal. Pasukan Indonesia mundur dan tidak penah menginjakkan kaki lagi di bumi Malaysia. Peristiwa ini dikenal dengan "Pengepungan 68 Hari" oleh warga Malaysia.
Konfrontrasi Indonesia terhadap Malaysia berakhir setelah terjadi peristiwa G30S/PKI atau setelah beralihnya pemerintahan dari Orde lama ke Orde Baru. Mulailah dilakukan rintisan bagi perbaikan hubungan diplomatic dengan Malaysia, misi-misi rahasia yang dikenal dengan Operasi khusus (Opsus) mulai berkunjung ke Malaysia pada awal tahun 1966 terutama sejak Soeharto bertindak sebagai ketua presidium cabinet. Persetujuan normalisasi hubungan antara Indonesia dengan Malaysia mulai menunjukan lampu hijau dalam perundingan Bangkok yang berlangsung antara Menteri Luar Negeri Adam Malik dari Indonesia dan Wakil Perdana Menteri merangkap Menteri Luar Negeri Malaysia Tun Abdul Razak.

Persetujuan Bangkok mengandung tiga hal pokok yaitu:
1.Kepada rakyat Sabah dan Sarawak akan diberikan kesempatan untuk menegaskan lagi keputusan yang telah mereka ambil mengenai kedudukan mereka dalam Malaysia
2.Kedua pemerintah menyetujui untuk memulihkan hubungan diplomatic yang pernah terputus akibat konfrontasi oleh pihak Indonesia.
3.Menghentikan tindakan-tindakan permusuhan.
Secara resmi konfrontasi berakhir dengan adanya penyerahan surat-surat kepercayaan antara duta besar – duta besar kedua negara pada tahun 1967.